Files ディレクティブ でアクセス制限を行う。

*.inc.php / *.conf.php で終わるファイルにアクセスを禁止する。

<Files ~ "^.*\.(inc|conf)\.php$">
    order deny,allow
    deny from all
</Files>

secret_log というファイルにアクセスを禁止する。

<Files ~ "^secret_log$">
    order deny,allow
    deny from all
</Files>

上記の設定はブラウザからのアクセスを禁止するだけであって、内部からのアクセスは行えます。
例えば、php の require_once関数 や file関数 からの読み込みは問題なく動作します。